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El HCV tiene muchos genotipos, y hasta ahora han sido identificados 9 grupos principales y 30+ subtipos, y su número puede crecer continuamente. El sistema de clasificación de Simmonds (1994) ha sido aprobado en general. Este define los grupos principales de acuerdo a números arábigos en orden de descubrimiento, y los subtipos son designados por letras minúsculas.