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El curso y el pronóstico difiere en cada caso: 1) desapercibido de la infección y cura natural, 2) con síntomas y sigue el curso clínico típico, 3) con síntomas críticos y severos acompañados de coma pero cura finalmente, 4) termina con resultado fatal. En los casos agudos, los cambios bioquímicos de la sangre se recobran dentro de las 6 semanas.

Las hepatitis B, C y D pueden progresar a hepatitis crónica, cirrosis del hígado y carcinoma hepatocelular.